Vamos a ver, Las Tortugas Ninjas han vuelto. Solo que esta vez, es cuando estaban más jóvenes, donde conocen a su primer enemigo. Así que, por si no lo viste, lo dejaste a la mitad. Deja te cuento, Tortugas Ninjas: Caos Mutante (resumen en minutos). Esta película comienza con un doctor llamado Buster, quien está experimentando con diferentes criaturas, pero una de ellas es la más importante, la cual se llama Superfly. Aunque lo malo es que llegan algunos agentes a su laboratorio, los cuales rápidamente van contra el pobre científico. ¿Qué hemos hecho mal? ¿Qué hemos hecho mal? En consecuencia, Superfly trata de defenderlo y se trata de un descontrol, donde parte del material que altera las criaturas cae a las alcantarillas.
Mientras vemos que los agentes logran ganar al científico. Así que la líder de los agentes se queda con el laboratorio, mientras Superfly escapa con algunos de sus hermanos mutados. Pasan 15 años de esto, donde vemos a las Tortugas Ninja, quienes están en una importante misión, la cual es ir por la despensa. Pero su maestro rata llamado Splinter les pide que sean sigilosos y que no dejen que los humanos los vean. Así que se las arreglan para lograrlo y toman todo lo que ellos necesitan. Al mismo tiempo, venden las noticias de que el malvado Superfly anda por ahí tomando cosas de tecnología, y a pesar de que están muy cerca, no han podido atraparlo.
Mientras que las Tortugas quieren permanecer más rato afuera, por lo que van a ver una película, donde parece que quieren convivir con los humanos. Aunque saben que no los aceptarían y mejor regresan a su guarida. Más tarde llegan a casa, donde Splinter empieza a sospechar de ellos, ya que esta vez se tardaron demasiado. Mientras Leonardo, al ser el más correcto, no puede mentir y le dice sobre la película, por lo que el maestro se molesta con ellos y les voy a explicar el por qué no deben ser vistos por los humanos. Así que los siente en la mesa, donde les empieza a explicar. Entonces vemos un recuerdo del pasado de Splinter, quien siempre tuvo muchos problemas con los humanos, donde les explica que tenía una amiga cucaracha, pero los malvados humanos se la quitaron. Luego, un día como cualquier otro, se encontró con cuatro tortugas que estaban rodeadas de un líquido verde que las mutó. Así que las adoptó y cuidó de ellas. Luego les cuenta que un día quiso salir de nuevo al mundo para darles otra oportunidad a los humanos. Pero nuevamente fueron tratados como monstruos, por lo que volvió a las alcantarillas, donde juró que nunca regresaría.
Así que entrenó a las tortugas para que estas se pudieran defender, a las cuales les enseñó diferentes técnicas y con el tiempo se convirtieron en unas grandes guerreras. Volviendo al presente, los castiga y los manda a su cuarto, donde vemos que estos están molestos con Leonardo, puesto que este mencionó la película. Además, están pensativos, ya que a pesar de lo que piensa Splinter, creen que sería genial ser parte de la sociedad. Al mismo tiempo, vemos que algunos ladrones que trabajan para Superfly están tomando tecnología. Por otro lado, si te se entera de esto, así que se pone en marcha para tratar de atrapar al malvado.
Más tarde, las Tortugas Ninjas parecen que están entrenando y hacen una que otra maniobra. Pero en un descuido, casi le dan a una chica llamada abril, de la cual se enamora Leonardo. Mientras que esta no se da cuenta de quienes fueron. En ese momento, ven que alguien toma la moto de abril, por lo que rápidamente van a tratar de recuperarla, ya que esto se sienten culpables. Así que pronto llegan a la guarida de los malvados, donde los ponen en su lugar rápidamente. En ese momento, ven que está por llegar abril, por lo que ellos acomodan su moto y se ocultan. Pero pronto los descubre y se queda asombrada, ya que se da cuenta de que son una especie de mutantes. Aunque, como recuperaron su moto, sabe que son buenos, mientras ellos le preguntan si cree que las personas los verían como ella los ve. Pero les dice que tal vez no, puesto que ella los vio tal como eres por lo de su moto. Así que les aconseja que mejor se mantengan ocultos.
Después, ellos piensan en derrotar a Superfly y convertirse en Los Héroes de la ciudad, por lo que creen que con esto los aceptarían y podrían ir a la escuela a hacerse populares. Entonces, al llegar a casa, le marcan a abril para explicarle todo esto y que ya lleve el reportaje de todo lo que suceda. Así que al ser una periodista, será famosa con esta noticia. Luego se reúnen con ella en la escuela, donde notan que hay un casillero muy extraño, donde hay una chica que le dicen Vomicina. Mientras ella les confiesa que ese es su casillero. Así que les cuenta que hace mucho tiempo tiró el desayuno frente a una televisión en vivo y desde entonces fue llamada como Vomicina. Les hace saber que buscar establecer su reputación.
Luego empiezan con sus planes, donde ven que Superfly contrata a los villanos de la ciudad. Por lo que ellos van a ver a los malvados, pero nadie parece saber la ubicación de Superfly. No obstante, descubren a uno que está por darle un dispositivo al malvado, por lo que las Tortugas Ninjas van a sorprenderlo. Mientras que Splinter parece que les hace una fiesta al estilo de los humanos, mientras que las tortugas le dicen que no es necesario. Así que se las arreglan para salir de ahí y seguir con lo suyo. Por lo que llegan al lugar donde aparece Superfly, el cual está acompañado de sus hermanos los mutantes. Entonces, descubren a las tortugas, pero al ver que son mutantes como ellos, los recibe contento y les dice que son familia, ya que los creó el mismo científico. Puesto que el líquido que los mutó fue aquel que salió de las alcantarillas.
Gracias a esto, vemos que se empiezan a llevar bien entre ellos, donde Superfly les cuenta que el científico que los creó los hizo porque no tenía familia. Aunque la empresa para la que trabajaba lo traicionó para quitarle todos sus experimentos, mientras que él solo logró rescatar a sus hermanos. Además, explica que también quiso adaptarse con los humanos, pero los resultados no fueron buenos, puesto que al igual que siempre los trataron como si fueran unos monstruos. Así que tuvieron que ir por un tiempo. Entonces, les explica que entrenó con sus hermanos y pronto se volvieron muy fuertes, además de que con el tiempo aprendieron a usar la tecnología para hacer que todos los animales del mundo se hicieran mutantes.
Mientras que las tortugas no parecen estar de acuerdo con esto, luego vemos que abril, quien estaba escuchando todo, les dice a las tortugas que deben detenerlo. Por lo que ellos fijan ser parte de su grupo y en una oportunidad que tienen trata de quitarle el aparato que tiene para mutar a los animales. No obstante, Superfly y los demás tratan de atraparlos, por lo que pronto se trata de una persecución en medio de la ciudad. Aunque pronto Superfly les quita el aparato, mientras que las autoridades los atrapan, por lo que si te empieza a quitarles el líquido verde que los hizo mutantes. Ya que les confiesa que es quien quiere el control de todos los mutantes.
Al mismo tiempo, abril le avisa a Splinter, quien llega y pronto derriba a los guardias. Por lo que salva a sus discípulos. Aunque lo malo es que aún falta detener a Superfly. Por lo que van por él, donde manda a sus hermanos a detenerlos. Mientras que él enciende la máquina para mutar a los demás. Aunque los hermanos recapacitan y ya no quieren apoyarlo más. Entonces, estos mismos van contra él y tratan de detener la máquina. Aunque Superfly termina en el mismo líquido verde que tenía. Así que parece que los chicos han ganado. No obstante, lo malo es que Superfly vuelve a salir, pero esta vez se vuelve enorme y va contra la ciudad.
Mientras tanto, Splinter motiva a las tortugas para que se conviertan en Los Héroes que quieren ser. Por lo que pronto van contra el villano, mientras que la ciudad se convierte en un completo descontrol. Aunque lo peor de todo es que los noticieros le echan la culpa a las cobras de las Tortugas, las cuales prefieren continuar no importando lo que piensan los demás. Al mismo tiempo, abril toma noticiero principal y les abre los ojos a todos, a quienes les hace ver que las tortugas son buenos. Gracias a esto, los humanos se unen y ayudan a las tortugas. Así que pronto logran vencer a Superfly, quien termina en su forma original como una mosca.
Pasa el tiempo, y vemos que las tortugas fueron aceptadas e incluso van a la escuela, como ellos querían. Por lo que todo parece bien para ellos. No obstante, en una escena final vemos que Cinta tiene Superfly, además de que es astuto detrás de las Tortugas, ya que quiere su líquido para mutar. Puesto que no quiere conquistar el mundo con los mutantes. Por lo que para lograrlo, trae un famoso villano llamado El Destructor.